Technology - Category - Xiaopeng Xuhttps://xu-xp.com/categories/technology/Technology - Category - Xiaopeng XuHugo -- gohugo.ioenxiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)Thu, 11 Jun 2026 00:00:00 +0000How I add notes to this sitehttps://xu-xp.com/posts/adding-notes/Thu, 11 Jun 2026 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/adding-notes/<p>A quick reference (mostly to my future self) for adding a new note here, and how the <strong>Notes</strong> section indexes them automatically.</p>AI 助理配置https://xu-xp.com/posts/my-ai-assistant/Tue, 03 Feb 2026 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/my-ai-assistant/Claude code 使用

https://github.com/anthropics/claude-code

https://deepwiki.com/anthropics/claude-code

Claude Code Architecture

安装

# Install
curl -fsSL https://claude.ai/install.sh | bash

# Uninstall
npm uninstall -g @anthropic-ai/claude-code

# Regular usage
claude
claude --resume

# Use without frequent responds
claude  --dangerously-skip-permissions

# Use resume previous sessions
claude  --dangerously-skip-permissions --resume

常用命令

# !直接运行命令输入，结果直接进上下文，不用来回切终端
!git status 
!npm test

# 双击Esc后悔药        
# 代码改乱了?按两下Esc， 直接回到上一个检查点，后悔来得及

#Ctrl+R翻旧账        
# 昨天的提示词忘了?按Ctrl+R秒速搜索历史对话，比翻记事本快

# @召唤文件
# 想引用某个文件?打@就行，像微信@人一样，再也不用复制粘贴
@results/file.fasta

# Remote 随时随地接力
# 网页版开始写代码，回家接着写用 claude--teleport 把云端会话"拉"到本地，无缝切换设备

# /export留下证据
# 重要对话输 /export 导出自动生成Markdown文档.写文档，复盘都超方便

# claude RD steps
/plan implement rate limiting on the /api/upload endpoint   # plan first, confirm
# ... approve plan ...
/prp-implement                                              # build w/ validation loops
/code-review --fix                                          # review + auto-apply cleanups
/security-review                                            # since it's an endpoint
/verify                                                     # run it, confirm behavior
/pr                                                         # push + open PR

Claude.md 命令

Claude.md 是一个很重要的 claude 功能，能够让 claude 对项目结构有比较好的记忆，减少每次反复开发。在开发过程中，很好的维护他，会让开发效率大大提升。

]]>Amber 分子动力学模拟https://xu-xp.com/posts/md_simulations_amber/Mon, 17 Nov 2025 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/md_simulations_amber/MD simulation（Amber）

批量运行

for i in *.pdb; do mkdir -p "${i%.*}"; mv $i "${i%.*}"/complex.pdb ; done

for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.in  $i; done
for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.sbatch  $i; done

for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch prepare_md.sbatch; cd ..;  done
for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ..;  done

for i in {2..３}; do echo run$i; cp -r run1 run$i; done
for i in `ls -d run*/*/`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ../..;  done

整体说明

Amber作为最常用的分子动力学模拟软件之一，适用于许多生物体系的分子动力学模拟，功能全面。Amber软件包本身实际上分为AmberTools与Amber两部分。前者是免费的，且包含做一个完整的分子动力学模拟的所有功能。Amber是付费的，支持多CPU并行运算与GPU加速。

]]>Jupyterlab 使用https://xu-xp.com/posts/jupyterlab_usage/Thu, 06 Nov 2025 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/jupyterlab_usage/本地命令行打开 JupyterLab 
jupyter lab # 基础命令
nohup  jupyter-lab --no-browser --ip="0.0.0.0" 2>&1 & # 后台运行命令

Slurm 运行 Jupyter lab 交互分析

sbatch 脚本示例: run-jupyter-server.sbatch

#!/bin/bash
#SBATCH --time=2:00:00
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --mem=16G
#SBATCH --partition=debug
#SBATCH --constraint=intel
#SBATCH --job-name=jupyterlab
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=./%x-%j.out
#SBATCH --error=./%x-%j.err

# use srun to launch Jupyter server in order to reserve a port
srun --resv-ports=1 ./run-jupyter-server.srun

srun 脚本: run-jupyter-server.srun

参考：https://github.com/kaust-vislab/sklearn-data-science-project/blob/master/bin/launch-jupyter-server.srun

]]>MCP 开发说明https://xu-xp.com/posts/mcp_develop/Wed, 29 Oct 2025 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/mcp_develop/<p>MCP 由 Claude 提出，其 Claude Code 对 MCP 的支持较好。开始研发 MCP 服务器时，建议先以 Claude Code 作为基础，后续再扩展到 Gemini CLI 和 OpenAI Codex。</p>DFT 有机反应建模https://xu-xp.com/posts/dft_organic_reaction/Wed, 20 Nov 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/dft_organic_reaction/<h2 id="密度泛函理论-dft-简介">密度泛函理论 (DFT) 简介</h2> <p>密度泛函理论 (DFT) 是一种计算量子力学建模方法，用于物理学、化学和材料科学，研究多体系统（特别是原子、分子和凝聚相）的电子结构（或核结构）（主要是基态）。利用该理论，可以通过使用泛函来确定多电子系统的属性 - 即接受函数作为输入并输出单个实数的函数。对于 DFT，这些是空间相关电子密度的泛函。DFT 是凝聚态物理学、计算物理学和计算化学中最流行和用途最广泛的方法之一。</p>Google Sites 网站开发https://xu-xp.com/posts/google_site_dev/Wed, 16 Oct 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/google_site_dev/Google Sites Web 开发

Google Sites 域名配置

在 https://sites.google.com/ 上开发个人主页．在腾讯云上购买域名．

购买域名后，在 https://sites.google.com/ 网站下的设置功能中，输入自己的域名，点击下一步获得域名解析的配置信息．

]]>GROMACS 分子动力学模拟https://xu-xp.com/posts/md_simulations_gromacs/Wed, 10 Apr 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/md_simulations_gromacs/MD simulation (Gromacs)

相关代码库见 https://github.com/charlesxu90/enzyme-md。

请求 Shaheen 资源并运行

srun --time=4:00:00 --nodes=1 --cpus-per-task=8 --ntasks=1 --mem=20G --pty bash -c '/bin/bash'

MD结构预处理

AF２ 预测的结构无需特殊处理，直接按照上述步骤执行即可．

]]>可视化工具https://xu-xp.com/posts/visual_tools/Tue, 27 Feb 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/visual_tools/常用的可视化工具包括 Python、OmniGraffle、Adobe Illustrator、以及 PowerPoint 等。

Python 数据可视化

Python 是开源工具，其中包含了很多数据可视化包，可以画出比较优美的数据图表。

]]>扩展GPThttps://xu-xp.com/posts/extend_gpt/Sat, 24 Feb 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/extend_gpt/LoRA 轻量 finetune

https://github.com/microsoft/LoRA

LoRA 在预训练大模型，如 GPT， 的主结构外，增加了 adaptor 层，可以用较小的 memory 来 finetune 大模型。如下图，只训练 A 和 B 的参数。

安装

pip install loralib

使用

定义模型

LoRA 目前只支持几种类型的 layer：nn.Linear, nn.Embedding 和 nn.Conv2d。同时，支持MergedLinear 来替换 nn.Linear 表示多层 MLP 的情况。

]]>