Xiaopeng Xu
Amber 分子动力学模拟
MD simulation（Amber）
批量运行
for i in *.pdb; do mkdir -p "${i%.*}"; mv $i "${i%.*}"/complex.pdb ; done
for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.in $i; done
for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.sbatch $i; done
for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch prepare_md.sbatch; cd ..; done
for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ..; done
for i in {2..３}; do echo run$i; cp -r run1 run$i; done
for i in `ls -d run*/*/`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ../..; done整体说明
Amber作为最常用的分子动力学模拟软件之一，适用于许多生物体系的分子动力学模拟，功能全面。Amber软件包本身实际上分为AmberTools与Amber两部分。前者是免费的，且包含做一个完整的分子动力学模拟的所有功能。Amber是付费的，支持多CPU并行运算与GPU加速。