MD simulation (Gromacs)

相关代码库见 https://github.com/charlesxu90/enzyme-md。

请求 Shaheen 资源并运行

srun --time=4:00:00 --nodes=1 --cpus-per-task=8 --ntasks=1 --mem=20G --pty bash -c '/bin/bash'

MD结构预处理

AF２ 预测的结构无需特殊处理，直接按照上述步骤执行即可．

Google Sites Web 开发

Google Sites 域名配置

在 https://sites.google.com/ 上开发个人主页．在腾讯云上购买域名．

购买域名后，在 https://sites.google.com/ 网站下的设置功能中，输入自己的域名，点击下一步获得域名解析的配置信息．

研究生的科研训练

摘要

科研训练是个长期积累的过程。每个学生的资质不同、经历不同、兴趣也各有偏好，真实体验会有所不同。

这里将研究生所需要提升的知识和技能做统一的整理，供攻读研究生学位的学生参考。

常用的可视化工具包括 Python、OmniGraffle、Adobe Illustrator、以及 PowerPoint 等。

Python 数据可视化

Python 是开源工具，其中包含了很多数据可视化包，可以画出比较优美的数据图表。

LoRA 轻量 finetune

https://github.com/microsoft/LoRA

LoRA 在预训练大模型，如 GPT， 的主结构外，增加了 adaptor 层，可以用较小的 memory 来 finetune 大模型。如下图，只训练 A 和 B 的参数。

安装

pip install loralib

使用

定义模型

LoRA 目前只支持几种类型的 layer：nn.Linear, nn.Embedding 和 nn.Conv2d。同时，支持MergedLinear 来替换 nn.Linear 表示多层 MLP 的情况。

写作说明

参考资料

Writing a Letter of Intent

来源：https://writingcenter.uagc.edu/writing-letter-intent

What is a letter of intent?

A letter of intent is a proposal describing and explaining your intentions. The letter is a formal and professional document, focusing on a specific audience and purpose. The letter of intent is an important step in a project, as it typically must get approval before any work can begin.