基金简介

• 青年基金（青年科学基金项目）

• 面上项目

• 其他各类项目

青年基金

参考：https://www.nsfc.gov.cn/publish/portal0/xmzn/2020/05/

项目简介

评审标准

海外优青评审标准

参考：https://www.sdxz2050.com/17570.html， https://blog.sciencenet.cn/blog-64212-1291802.html

今年新增了国家自然科学基金优青（海外）项目，旨在引进优秀海外人才。在函评本子过程中发现存在几个方面的问题，希望能引起相关学者和依托单位的重视，增加命中率。

Google cloud 操作

增加 ssh key

ssh-keygen # -t rsa -b 4096 -C account_name
# copy the content in *.pub to google cloud user keys.

VM 相关

创建和删除 VM

在 web 界面中按步骤操作即可。

注意：

1. 在高级选项中的 availability policies，课选择 spot。可大幅减少计算成本。 使用 Admin 创建的 image，可以使用 NFS，已有 environment。

登录 VM

使用 gcloud 登录较为方便，命令如下

数据下载

从 NCBI SRA 平台下载对应的 Ig seq 项目数据。

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/

先导入 google cloud 的 bucket 中，然后通过 gsutils 下载到本地或 ibex 文件夹中。

MiXCR 数据分析

安装 MiXCR

conda install -c imperial-college-research-computing mixcr

Ig-seq 快速使用

# Align
Align: mixcr align–library my_library -t 8 -r align_log.txt R1 R2 alignments.vdjca -s hs
# What is the my_library used here

# Assemble
Assemble: mixcr assemble -r assemble_log.txt -OseparateByV = true -OseparateByJ = true -OseparateByC = true align-
ments.vdjca clones.clns

使用介绍

典型的 MiXCR 工作流程主要由三个部分构成：

基础的分析流程：

1. Base calling 从电信号中识别碱基序列。原始电信号是Fast5/Pod5格式，需要转为 Fastq 格式。 Fast5/Pod5-> Fastq。

2. Alignment 比对到参考基因组。常用工具是 minimap2。

3. Call variants 获取突变数据，包括 GATK，VarScan 等。

核心思想是 Rotamer

安装

Rosetta 可以从 RosettaCommons 上面下载源代码。但需要在本地做 Compile 后才能使用。相关介绍见：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build。

tar -xvzf rosetta[releasenumber].tar.gz # 解压压缩包
cd rosetta*/main/source # 打开源代码文件夹
./scons.py -j 20 mode=release bin # 用 scons 来生成 binary 文件，20为核数

默认 build 好后在 ./bin/ 文件夹中。