总结

这个科研训练是个长期积累的过程。可能自己的经历不同，感受会有差异。

如果要完成博士学业，拿到学位。核心技能包括：

1. 时间管理能力： 平衡上课和科研，家庭和学业，文献阅读、实验和写作。核心是日历管理。

原课程B站地址：https://www.bilibili.com/video/BV1zv41177JQ

笔记来源：https://blog.csdn.net/weixin_43093481/article/details/119299915

by 斯坦福 Kristin Sainani 教授

总结：

1. 时间分配：70% 预写作，10% 初稿写作，20% 修正优化。

2. 初稿写作顺序：图表，Results，Methods，Introduction，Discussion， Abstract。

来源：https://ibook.antpedia.com/x/804621.html

文献综述是在对文献进行阅读、选择、比较、分类、分析和综合的基础上，研究者用自己的语言对某一问题的研究状况进行综合叙述的情报研究成果。文献的搜集、整理、分析都为文献综述的撰写奠定了基础。

VMD

VMD 是 MD 结果的可视化工具。

安装

安装包有不支持 Ubuntu，但支持其他系统。推荐安装到 Mac OS。比较方便。

使用

PDB 文件可视化

见 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.8.2/tutorial/html/node2.html。需要先新建 Molecule，然后修改它的 Graph 展示。

Torch Geometric（PyG）是一个基于PyTorch的用于处理不规则数据（比如图）的库，或者说是一个用于在图等数据上快速实现表征学习的框架。由于速度和方便的优势，PyG 是当前最流行和广泛使用的GNN库。

基础介绍

参考：

1. https://lilianweng.github.io/posts/2020-04-07-the-transformer-family/

2. https://zhuanlan.zhihu.com/p/351558402

注意力机制 attention

Attention 是神经网络中的一种机制：模型可以通过选择性地关注给定的数据集来学习做出预测。Attention的个数是通过学习权重来量化的，输出则通常是一个加权平均值。