Xiaopeng Xu, Ph.D.

Research Scientist @ KAUST · Agentic AI for scientific discovery, protein design & synthetic biology

Recent Notes

如何写好一篇文献综述

Xiaopeng Xu published on Jan 1, 2023 included in Research

来源：https://ibook.antpedia.com/x/804621.html

文献综述是在对文献进行阅读、选择、比较、分类、分析和综合的基础上，研究者用自己的语言对某一问题的研究状况进行综合叙述的情报研究成果。文献的搜集、整理、分析都为文献综述的撰写奠定了基础。

NAMD/VMD 使用

Xiaopeng Xu published on Dec 18, 2022 included in Technology

VMD

VMD 是 MD 结果的可视化工具。

安装

安装包有不支持 Ubuntu，但支持其他系统。推荐安装到 Mac OS。比较方便。

使用

PDB 文件可视化

见 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.8.2/tutorial/html/node2.html。需要先新建 Molecule，然后修改它的 Graph 展示。

Torch Geometric 常用命令

Xiaopeng Xu published on Aug 10, 2022 included in Technology

Torch Geometric（PyG）是一个基于PyTorch的用于处理不规则数据（比如图）的库，或者说是一个用于在图等数据上快速实现表征学习的框架。由于速度和方便的优势，PyG 是当前最流行和广泛使用的GNN库。

Transformer 学习笔记

Xiaopeng Xu published on Jun 13, 2022 included in Technology

基础介绍

参考：

注意力机制 attention

Attention 是神经网络中的一种机制：模型可以通过选择性地关注给定的数据集来学习做出预测。Attention的个数是通过学习权重来量化的，输出则通常是一个加权平均值。

Latex 常用命令

Xiaopeng Xu published on Apr 25, 2022 included in Technology

常用包说明

\documentclass{proc} % 一个基于 article 的会议文集文件类型
\usepackage[utf8]{inputenc} % 输入编码 utf-8
\usepackage{natbib} % 参考文献引用格式
\usepackage{graphicx} % 插图的标准宏包
\usepackage{authblk} % 自定义作者环境
\usepackage{soul} % 文本强调
\usepackage{xcolor} % 提供了更方便的混色语法
\usepackage{booktabs} % 三线表
\usepackage{adjustbox} % 图片文档对齐
\usepackage{lscape} % 单页面变为横置
\usepackage[margin=.6in, footskip=.75cm]{geometry} % 设置页面各部分尺寸
\usepackage{hyperref} % 超链接与其他 PDF 专有功能
\usepackage{rotating} % 旋转文字，图像，表格等对象

LaTex常用包及其功能：https://blog.csdn.net/i1020/article/details/98525978

三维结构分析

Xiaopeng Xu published on Feb 11, 2022 included in Technology

Rdkit 使用

小技巧

禁用 log

from rdkit import RDLogger
RDLogger.DisableLog('rdApp.*')

PyMol 使用

参考：http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html

3D 模型操作

模型的对齐（align）

和 PDB 中已有模型做对齐

pymol grafting/model-0.relaxed.pdb

# Input in pymol command line
fetch 4m5y  # fetch 4m5y as framework to compare
alignto  # alignto 4m5y for close comparison 

和本地模型做对齐

将已有的两个模型同时打开，并比较其结构的相似性。