组学数据下载

原始数据下载

European Nucleotide Archive (ENA)

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB40872

选择后，会生成 bash 脚本，包括 wget 命令。直接运行脚本即可。

SRA 数据库

大部分测序的原始数据都在 SRA。可以安装 SRA-tools 来下载相关的数据。

选择数据后，下载 access_list，会生成一个包含样本编号的 txt 文件。

需要先按这里的说明来安装和配置 SRA-tools。

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump

安装 SRA-tools

https://www.metagenomics.wiki/tools/short-read/ncbi-sra-file-format/sra-tools-install