Amber 分子动力学模拟

xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu) — Mon, 17 Nov 2025 00:00:00 +0000

MD simulation（Amber）

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for i in *.pdb; do mkdir -p "${i%.*}"; mv $i "${i%.*}"/complex.pdb ; done

for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.in  $i; done
for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.sbatch  $i; done

for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch prepare_md.sbatch; cd ..;  done
for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ..;  done

for i in {2..３}; do echo run$i; cp -r run1 run$i; done
for i in `ls -d run*/*/`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ../..;  done

整体说明

Amber作为最常用的分子动力学模拟软件之一，适用于许多生物体系的分子动力学模拟，功能全面。Amber软件包本身实际上分为AmberTools与Amber两部分。前者是免费的，且包含做一个完整的分子动力学模拟的所有功能。Amber是付费的，支持多CPU并行运算与GPU加速。

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