Antibody Design - Tag - Xiaopeng Xuhttps://xu-xp.com/tags/antibody-design/Antibody Design - Tag - Xiaopeng XuHugo -- gohugo.ioenxiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)Fri, 16 Jun 2023 00:00:00 +0000AB-Gen 抗体设计https://xu-xp.com/posts/ab-gen-post/Fri, 16 Jun 2023 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/ab-gen-post/今天给大家介绍的文章是来自沙特阿卜杜拉国王科技大学 (KAUST) 高欣教授课题组 (http://cemse.kaust.edu.sa/sfb) 和中科院福建物质结构研究所张璐研究员团队开发的基于生成式预训练 Transformer (GPT) 和强化学习设计抗体库的方法，AB-Gen，于近日发表在《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》上 ，文章的第一作者是KAUST的博士生徐晓鹏。

]]>基于结构设计抗体https://xu-xp.com/posts/struct-ab-design/Thu, 03 Feb 2022 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/struct-ab-design/总体介绍

目前抗体圈主要是在英美。美国以 RosettaCommons 为核心，有好多人在做抗体设计。英国以 Oxford 的 Charlotte Deane 为代表，有很多研究人员做此方向。

Rosetta 目前被蛋白质设计相关组广为使用。主要是美国的一些科研机构在用。包含抗体序列numbering、抗体结构预测、抗体抗原 docking 和 抗体设计等项目的多个软件。Numbering 主要用的是 PyIgClassify (2015), 抗体结构预测包括 RosettaAntibody(2009), AbPredict (2016, 2019), 和 RosettaCM (2013)，抗体抗原 docking 包括 RosettaDock (2008) 和 *SnugDock(2010)，抗体设计包括 RosettaAntibodyDesign (RAbD, 2018) 和 AbDesign (2015)，通过引用量来看 RosettaCM (748)，RosettaAntibody (2009, 175)，RosettaDock (2008, 516) 和 SnugDock (2010, 122) 用的人较多。另外，Rosetta 有个在线平台 Rosie，提供在线服务，做蛋白质结构预测和 Docking 等，https://rosie.rosettacommons.org/queue。

]]>