从 NCBI SRA 平台下载对应的 Ig seq 项目数据。

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/

先导入 google cloud 的 bucket 中，然后通过 gsutils 下载到本地或 ibex 文件夹中。

MiXCR 数据分析

安装 MiXCR

conda install -c imperial-college-research-computing mixcr

Ig-seq 快速使用

# Align
Align: mixcr align–library my_library -t 8 -r align_log.txt R1 R2 alignments.vdjca -s hs
# What is the my_library used here

# Assemble
Assemble: mixcr assemble -r assemble_log.txt -OseparateByV = true -OseparateByJ = true -OseparateByC = true align-
ments.vdjca clones.clns

使用介绍

典型的 MiXCR 工作流程主要由三个部分构成：

1. Base calling 从电信号中识别碱基序列。原始电信号是Fast5/Pod5格式，需要转为 Fastq 格式。 Fast5/Pod5-> Fastq。

2. Alignment 比对到参考基因组。常用工具是 minimap2。

3. Call variants 获取突变数据，包括 GATK，VarScan 等。

   ]]>https://xu-xp.com/posts/nanopore_signal_analysis/Wed, 07 Feb 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/nanopore_signal_analysis/原始测序电信号数据格式

   FAST5 数据格式

   https://github.com/nanoporetech/fast5_research

   https://blog.csdn.net/Emmett_Bioinfo/article/details/113847543

   https://zhuanlan.zhihu.com/p/137069950

   FAST5格式（.fast5）实际上是在HDF5格式上的一种变体。HDF是Hierarchical Data Format的首字母缩写，从名字上就可以看出来这种文件格式储存信息的方式是层级嵌套的（hierarchical, nested）。它采用chunking（分解）的方式来存储多维数据，它内部表现出来的是类似于文件夹（树）的结构。由于这种文件层级分解的特性，想要获取某一部分信息，只需要获得该部分信息所在的chunk即可，这样就让这种文件格式非常的flexible，也非常适合用于多种编程语言来处理。FAST5格式是Oxford推出Nanopore测序之后在HDF5格式的基础上设计用于存储Nanopore测序信息的文件。

   ]]>https://xu-xp.com/posts/omics_data_download/Sun, 01 Oct 2023 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/omics_data_download/原始数据下载

   European Nucleotide Archive (ENA)

   https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB40872

   选择后，会生成 bash 脚本，包括 wget 命令。直接运行脚本即可。

   SRA 数据库

   大部分测序的原始数据都在 SRA。可以安装 SRA-tools 来下载相关的数据。

   选择数据后，下载 access_list，会生成一个包含样本编号的 txt 文件。

   ]]>https://xu-xp.com/posts/3d-struct-analysis/Fri, 11 Feb 2022 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/3d-struct-analysis/Rdkit 使用

   小技巧

   禁用 log

   from rdkit import RDLogger
   RDLogger.DisableLog('rdApp.*')

   PyMol 使用

   参考：http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html

   3D 模型操作

   模型的对齐（align）

   和 PDB 中已有模型做对齐

   pymol grafting/model-0.relaxed.pdb
   
   # Input in pymol command line
   fetch 4m5y  # fetch 4m5y as framework to compare
   alignto  # alignto 4m5y for close comparison 

   和本地模型做对齐

   将已有的两个模型同时打开，并比较其结构的相似性。

   ]]>https://xu-xp.com/posts/bioinfo_conf_journal/Sat, 24 Apr 2021 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/bioinfo_conf_journal/生物信息学两大顶会：

   1. ISMB

   2. RECOMB

   ISMB会转投Bioinformatics杂志， RECOMB会转发Journal of Computational Biology

    

   杂志：

   1. Bioinformatics 好文章基本都发这上面了

   2. Nature Method 偶尔有生物信息的文章

   3. Genome Research (Method)

      ]]>