GROMACS - Tag - Xiaopeng Xu

GROMACS - Tag - Xiaopeng Xuhttps://xu-xp.com/tags/gromacs/GROMACS - Tag - Xiaopeng XuHugo -- gohugo.ioenxiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)Wed, 10 Apr 2024 00:00:00 +0000GROMACS 分子动力学模拟https://xu-xp.com/posts/md_simulations_gromacs/Wed, 10 Apr 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/md_simulations_gromacs/MD simulation (Gromacs)

相关代码库见 https://github.com/charlesxu90/enzyme-md。

请求 Shaheen 资源并运行

        
srun --time=4:00:00 --nodes=1 --cpus-per-task=8 --ntasks=1 --mem=20G --pty bash -c '/bin/bash'

MD结构预处理

AF２预测的结构无需特殊处理，直接按照上述步骤执行即可．

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