MiXCR - Tag - Xiaopeng Xuhttps://xu-xp.com/tags/mixcr/MiXCR - Tag - Xiaopeng XuHugo -- gohugo.ioenxiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)Thu, 08 Feb 2024 00:00:00 +0000Ig-seq 操作说明https://xu-xp.com/posts/ig-seq-mixcr/Thu, 08 Feb 2024 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/ig-seq-mixcr/数据下载

从 NCBI SRA 平台下载对应的 Ig seq 项目数据。

先导入 google cloud 的 bucket 中，然后通过 gsutils 下载到本地或 ibex 文件夹中。

MiXCR 数据分析

安装 MiXCR

conda install -c imperial-college-research-computing mixcr

Ig-seq 快速使用

# Align
Align: mixcr align–library my_library -t 8 -r align_log.txt R1 R2 alignments.vdjca -s hs
# What is the my_library used here

# Assemble
Assemble: mixcr assemble -r assemble_log.txt -OseparateByV = true -OseparateByJ = true -OseparateByC = true align-
ments.vdjca clones.clns

使用介绍

典型的 MiXCR 工作流程主要由三个部分构成：

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