Molecular Dynamics - Tag - Xiaopeng Xu

Amber 分子动力学模拟

xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu) — Mon, 17 Nov 2025 00:00:00 +0000

MD simulation（Amber）

批量运行

        
for i in *.pdb; do mkdir -p "${i%.*}"; mv $i "${i%.*}"/complex.pdb ; done

for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.in  $i; done
for i in `ls -d */`; do cp ace_capt1/*.sbatch  $i; done

for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch prepare_md.sbatch; cd ..;  done
for i in `ls -d */`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ..;  done

for i in {2..３}; do echo run$i; cp -r run1 run$i; done
for i in `ls -d run*/*/`; do echo $i; cd $i; sbatch run_md.sbatch; cd ../..;  done

整体说明

Amber作为最常用的分子动力学模拟软件之一，适用于许多生物体系的分子动力学模拟，功能全面。Amber软件包本身实际上分为AmberTools与Amber两部分。前者是免费的，且包含做一个完整的分子动力学模拟的所有功能。Amber是付费的，支持多CPU并行运算与GPU加速。

GROMACS 分子动力学模拟

xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu) — Wed, 10 Apr 2024 00:00:00 +0000

MD simulation (Gromacs)

相关代码库见 https://github.com/charlesxu90/enzyme-md。

请求 Shaheen 资源并运行

        
srun --time=4:00:00 --nodes=1 --cpus-per-task=8 --ntasks=1 --mem=20G --pty bash -c '/bin/bash'

MD结构预处理

AF２预测的结构无需特殊处理，直接按照上述步骤执行即可．

NAMD/VMD 使用

xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu) — Sun, 18 Dec 2022 00:00:00 +0000

VMD

VMD 是 MD 结果的可视化工具。

安装

安装包有不支持 Ubuntu，但支持其他系统。推荐安装到 Mac OS。比较方便。

使用

PDB 文件可视化

见 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.8.2/tutorial/html/node2.html。需要先新建 Molecule，然后修改它的 Graph 展示。