安装

Rosetta 可以从 RosettaCommons 上面下载源代码。但需要在本地做 Compile 后才能使用。相关介绍见：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build。

tar -xvzf rosetta[releasenumber].tar.gz # 解压压缩包
cd rosetta*/main/source # 打开源代码文件夹
./scons.py -j 20 mode=release bin # 用 scons 来生成 binary 文件，20为核数

默认 build 好后在 ./bin/ 文件夹中。

目前抗体圈主要是在英美。美国以 RosettaCommons 为核心，有好多人在做抗体设计。英国以 Oxford 的 Charlotte Deane 为代表，有很多研究人员做此方向。

Rosetta 目前被蛋白质设计相关组广为使用。主要是美国的一些科研机构在用。包含抗体序列numbering、抗体结构预测、抗体抗原 docking 和 抗体设计等项目的多个软件。Numbering 主要用的是 PyIgClassify (2015), 抗体结构预测包括 RosettaAntibody(2009), AbPredict (2016, 2019), 和 RosettaCM (2013)，抗体抗原 docking 包括 RosettaDock (2008) 和 *SnugDock(2010)，抗体设计包括 RosettaAntibodyDesign (RAbD, 2018) 和 AbDesign (2015)，通过引用量来看 RosettaCM (748)，RosettaAntibody (2009, 175)，RosettaDock (2008, 516) 和 SnugDock (2010, 122) 用的人较多。另外，Rosetta 有个在线平台 Rosie，提供在线服务，做蛋白质结构预测和 Docking 等，https://rosie.rosettacommons.org/queue。