RDKit - Tag - Xiaopeng Xuhttps://xu-xp.com/tags/rdkit/RDKit - Tag - Xiaopeng XuHugo -- gohugo.ioenxiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)Fri, 11 Feb 2022 00:00:00 +0000三维结构分析https://xu-xp.com/posts/3d-struct-analysis/Fri, 11 Feb 2022 00:00:00 +0000xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu)https://xu-xp.com/posts/3d-struct-analysis/Rdkit 使用

小技巧

禁用 log

from rdkit import RDLogger
RDLogger.DisableLog('rdApp.*')

PyMol 使用

参考：http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html

3D 模型操作

模型的对齐（align）

和 PDB 中已有模型做对齐
pymol grafting/model-0.relaxed.pdb

# Input in pymol command line
fetch 4m5y  # fetch 4m5y as framework to compare
alignto  # alignto 4m5y for close comparison
和本地模型做对齐

将已有的两个模型同时打开，并比较其结构的相似性。

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