三维结构分析

xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu) — Fri, 11 Feb 2022 00:00:00 +0000

Rdkit 使用

小技巧

禁用 log

        
from rdkit import RDLogger
RDLogger.DisableLog('rdApp.*')

PyMol 使用

参考：http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html

3D 模型操作

模型的对齐（align）

和 PDB 中已有模型做对齐

        
pymol grafting/model-0.relaxed.pdb

# Input in pymol command line
fetch 4m5y  # fetch 4m5y as framework to compare
alignto  # alignto 4m5y for close comparison

和本地模型做对齐

将已有的两个模型同时打开，并比较其结构的相似性。

基于结构设计抗体

xiaopeng.xu@kaust.edu.sa (Xiaopeng Xu) — Thu, 03 Feb 2022 00:00:00 +0000

总体介绍

目前抗体圈主要是在英美。美国以 RosettaCommons 为核心，有好多人在做抗体设计。英国以 Oxford 的 Charlotte Deane 为代表，有很多研究人员做此方向。

Rosetta 目前被蛋白质设计相关组广为使用。主要是美国的一些科研机构在用。包含抗体序列numbering、抗体结构预测、抗体抗原 docking 和抗体设计等项目的多个软件。Numbering 主要用的是 PyIgClassify (2015), 抗体结构预测包括 RosettaAntibody(2009), AbPredict (2016, 2019), 和 RosettaCM (2013)，抗体抗原 docking 包括 RosettaDock (2008) 和 *SnugDock(2010)，抗体设计包括 RosettaAntibodyDesign (RAbD, 2018) 和 AbDesign (2015)，通过引用量来看 RosettaCM (748)，RosettaAntibody (2009, 175)，RosettaDock (2008, 516) 和 SnugDock (2010, 122) 用的人较多。另外，Rosetta 有个在线平台 Rosie，提供在线服务，做蛋白质结构预测和 Docking 等，https://rosie.rosettacommons.org/queue。

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