VMD 是 MD 结果的可视化工具。

安装

安装包有不支持 Ubuntu，但支持其他系统。推荐安装到 Mac OS。比较方便。

使用

PDB 文件可视化

见 https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.8.2/tutorial/html/node2.html。需要先新建 Molecule，然后修改它的 Graph 展示。